Después de entrenar durante dos años y medio con Jiraiya, Naruto Uzumaki vuelve a la Aldea Oculta de la Hoja, donde se reúne con sus viejos amigos para volver a conformar el Equipo 7, ahora renombrado a Equipo Kakashy. Ante la ausencia de Sasuke, Sai toma el lugar vacante del conjunto. En esta continuación, los compañeros de Naruto han madurado respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar el chakra del Kyūbi. Contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Shippūden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Bijū.
La historia continua a travez de los capítulo donde Naruto sigue en la búsqueda de su amigo Sasuke, el cual después de algunas batallas termina viendo la muerte de su hermano, y decidiendo con esto el unirse a la organización de Akatsuki. Naruto vive aventuras relacionadas con los miembros de esta organización teniendo peleas y viéndose obligado a volverse mas fuerte para cada batalla.
